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企業(yè)所得稅的匯算清繳，由納稅人自行計(jì)算年度應(yīng)納稅所得額和應(yīng)繳所得稅額，根據(jù)預(yù)繳稅款情況，計(jì)算全年應(yīng)繳、應(yīng)退稅額，并填寫納稅申報(bào)表，在稅法規(guī)定的申報(bào)期內(nèi)向稅務(wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行年度納稅申報(bào)，也可以委托社會中介機(jī)構(gòu)代理申報(bào)，經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)受理并審核后，辦理結(jié)算稅款手續(xù)。之后，稅務(wù)機(jī)關(guān)根據(jù)選案標(biāo)準(zhǔn)、平時(shí)及審核中掌握的情況，有針對性地進(jìn)行納稅檢（稽）查。
企業(yè)所得稅匯算清繳，應(yīng)以企業(yè)會計(jì)核算為基礎(chǔ)，以稅收法規(guī)為依據(jù)。企業(yè)所得稅匯算清繳的具體規(guī)定如下：
（1）納稅人納稅年度內(nèi)無論盈利、虧損或處于減免稅期，均應(yīng)根據(jù)所得稅法律、法規(guī)及有關(guān)規(guī)定辦理年度企業(yè)所得稅申報(bào)。納稅人已按照規(guī)定預(yù)繳稅款，因特殊原因不能在規(guī)定期限辦理年度企業(yè)所得稅申報(bào)的，應(yīng)在申報(bào)期限內(nèi)提出書面延期申報(bào)申請，經(jīng)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)，在核準(zhǔn)期限內(nèi)辦理納稅申報(bào)。
（2）納稅人在納稅年度中間發(fā)生合并、分立的，依據(jù)稅收法規(guī)的規(guī)定，合并、分立后其納稅人地位發(fā)生變化的，應(yīng)在辦理變更稅務(wù)登記之前辦理企業(yè)所得稅申報(bào)，及時(shí)進(jìn)行匯算清繳，并結(jié)清稅款；其納稅人的地位不變的，納稅年度可以連續(xù)計(jì)算。
（3）納稅人己預(yù)繳的稅款少于全年應(yīng)繳稅款的，應(yīng)在年度終了后4個(gè)月（外資企業(yè)為5個(gè)月）內(nèi)結(jié)清應(yīng)補(bǔ)繳的稅款。預(yù)繳稅款超過應(yīng)繳稅款的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)及時(shí)辦理退稅，或者抵繳下一年度應(yīng)繳納的稅款。
匯算清繳所得稅的會計(jì)處理：
（一）采用“應(yīng)付稅款法”
1.計(jì)算出應(yīng)繳或應(yīng)補(bǔ)繳的所得稅時(shí)：
借：所得稅
貸：應(yīng)交稅金-應(yīng)交所得稅
2.實(shí)際上繳稅款時(shí)：
借：應(yīng)交稅金-應(yīng)交所得稅
貸：銀行存款
3.實(shí)際收到退回的多繳稅款時(shí)，作與上述方向相反的會計(jì)分錄。
（二）采用“納稅影響會計(jì)法”
1.計(jì)算出應(yīng)繳的所得稅時(shí)，需減去（或加上）本期發(fā)生的遞延稅款：
借：所得稅
遞延稅款
貸：應(yīng)交稅金-應(yīng)交所得稅
（或貸：遞延稅款）
2.實(shí)際上繳稅款時(shí)
借：應(yīng)交稅金-應(yīng)交所得稅
貸：銀行存款
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